PHPをソースからコンパイルした場合は問題ありませんが、PHPをパッケージでインストールした場合、WebサーバではPHPが実行できるものの、試験などでシェルからPHPを実行できない場合があります。
具体的には、/usr/bin/phpが存在しない場合です。

こんなときはPHPの開発用のパッケージを追加します。

大体必要なのは、php4-cgiとphp4-pearパッケージです。(PHP4の場合）

# apt-get install php4-cg php4-pear
パッケージリストを読み込んでいます... 完了
依存関係ツリーを作成しています... 完了       
以下の特別パッケージがインストールされます:
  libxml2 php-db php-http php-mail php-net-smtp php-net-socket php-pear php-xml-parser php5-cli php5-common
提案パッケージ:
  php5-dev php4-dev
推奨パッケージ:
  xml-core php-auth-sasl

これで/usr/bin/の下にphp(exec)が出来ているはずです。